Fundado el 12 de enero de 1961, a mediados de 1991, con el apoyo de empresarios mantenses, el club ascendió a la Serie A del fútbol ecuatoriano.
Se mantuvo en la máxima categoría cinco años seguidos, desde su descenso en 1996 Green Cross no ha podido volver.
Descendió a Segunda Categoría en 1998, donde permanece hasta 2011, ahora juega en la Liga Cantonal del cantón Tosagua de la provincia de Manabí.
A pesar de su corta permanencia en la máxima categoría, Green Cross llegó a ser el primer y hasta ahora único club manabita en clasificar a un torneo internacional sancionado por la Conmebol, al ganar en 1993 el triangular por un cupo a la Copa Conmebol 1994. Sin embargo, no llegó a participar y su puesto fue ocupado por El Nacional.
Palmarés
*Clasifico a la Copa Libertadores 1996
*Clasifico a la Copa Conmebol 1993
*Cuarto en el Torneo Nacional Serie A 1992, 1995
*Campeón Torneo Nacional Serie B 1991 E1
*Campeón Torneo Nacional de Segunda Categoría 1990
*ViceCampeón Torneo Nacional de Segunda Categoría 1987
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